1531 berichtet Beatus Rhenanus schon von römischen Funden in Speyer und 1542 besucht König Ferdinand I. die Sammlung des Vorsitzenden des Reichskammergerichtes, Wernher von Zimmern. Dieser hat sie in einem Haus untergebracht, auf dessen Grundstück heute das Historische Museum der Pfalz zu Speyer steht.

Im 18. Jahrhundert führt Herzog Karl II von der Pfalz gezielte Grabungen durch und das Antiquarium im Mannheimer Schloss wird die Heimat vieler Funde aus der Pfalz, sie gehen später in das heutige Reiss-Engholm-Museum über. Georg Litzel beschreibt in dieser Zeit sehr detailliert römische Funde, u.a. das Kastell in Altrip in dem mehrfach der Römische Kaiser Valentinian I anwesend war. Die gefundene Keramik prägt den heute in der Archäologie gängigen Begriff des „Altrip-Horizontes“.

1817 wird die Pfalz, als Ergebnis des Wiener Kongresses, ein Teil des Königreiches Bayern. Zwar wird bereits 1808 eine Anweisung zum Schutz der archäologischen Kulturdenkmäler erlassen, aber erst mit der Regierungsübernahme durch die Bayern sind klare Bemühungen des Staates zum Schutz und Erhalt der Altertümer zu erkennen. 1826 wird im Domgarten zu Speyer eine Antikenhalle errichtet. 1869 gründet sich der Historische Verein als Nachfolge des 1831 gegründeten „Geschichtlichen Vereins der Rheinkreise“ und übernimmt bis 1956 die Aufgabe der Bergung, Sammlung und des Erhalts der archäologischen Funde in der Pfalz.

1908 verabschiedet das Königreich Bayern die „Verordnung über Ausgrabungen und Funde von historisch merkwürdigen Gegenständen“. Für die Pfalz bleibt dieses Gesetz, trotz der Gründung des Bundeslandes Rheinland-Pfalz im Jahr 1947, bis zum Inkrafttreten des Denkmalschutzgesetzes von 1978 gültig. Die Bodendenkmalpflege wird vom Historischen Museum der Pfalz zu Speyer aus betrieben, die archäologischen Wissenschaftler sind Bedienstete des Museums.

Eine Besonderheit der Region stellen die vielen großen Grabungsprojekte dar. Hierbei können großflächig zusammenhängende Siedlungs- oder Produktionsareale ausgegraben und dokumentiert werden. Das spätkeltische Oppidum in Donnersberg (1974 – 1983), die römische Terra-Sigillata-Manufaktur in Rheinzabern (1975 – 1996) und die früh- bis hochmittelalterliche Siedlung in Speyer „Vogelgesang“ (1978 – 1982), deren Aufarbeitung der Keramikfunde erst 1998 abgeschlossen werden kann, werden zunächst von der Deutschen Forschungsgemeinschaft gefördert, später folgen hier teilweise andere Kooperationspartner.

Die Grabung auf dem Großen Berg bei Kindsbach (1985 – 1990) öffnet die bis heute einzige komplett bekannte spätantike Höhensiedlung, sie erfolgt in Kooperation mit der Gemeinde Kindsbach. 1980/81 werden die Römische Villen von Wachenheim und Ungstein archäologisch untersucht, heute sind sie kulturtouristische „Highlights“ der Region. Immer noch werden bei regelmäßigen Nachgrabungen in den Gräberfeldern besonders reiche Glasbeigaben gefunden. Die Nebengebäude der Villen, die ebenfalls immer wieder Ziel von Ausgrabungen sind, zeigen, wie wichtig diese Region in Römischer Zeit war, bezeichnet man sie doch gerne als „die größte römische Weinkelter nördlich der Alpen“.

Auch heute noch können langjährige Grabungskampagnen nur in Kooperation mit anderen Institutionen erfolgen, wie die Ausgrabungen auf dem Gelände des bandkeramischen Ritualortes Herxheim (1995 – 2015) oder Eisenberg, wo ein römischer Industrievicus mit Eisenverarbeitung sowie ein spätantiker Burgus seit 1992 freigelegt werden, zeigen.

Das neue Jahrtausend bringt auch neue Herausforderungen mit sich. Die Ethylen Pipeline Süd von Ludwigshafen bis Münchsmünster (Bayern) verläuft im Teilstück Ludwigshafen-Karlsruhe 73 km auf rheinland-pfälzischem Boden. Insgesamt 136 Fundstellen werden dokumentiert, den Grabungen (2007 – 2009) gehen Vorplanungen seit 2004 voraus. 

Lange Grabungskampagnen in Kooperation mit externen Partnern gehören inzwischen zum Tagesgeschäft, wie die Ausgrabung eines Gräberfeldes des 1. bis 5. Jh. n. Chr. mit besonders reichen Grabausstattungen auf dem Marienheim-Gelände in Speyer (2011 – 2014) zeigt. Die Aufarbeitung solcher Grabungen können jedoch erst mit Mitteln aus der Förderung von Kooperationspartnern aufgenommen werden.

Ein weiteres Problem der Landesarchäologie ist die fachgerechte Unterbringung des Fundgutes. Die Magazine erreichen in absehbarer Zukunft ihre Kapazitätsgrenzen, immer neue Baumaßnahmen verschärfen die Situation. In Speyer konnte man mit einer „alten Bekannten“ mittelfristig eine Lösung dieses Problems finden. Zusammen mit dem Historischen Museum wurde in der alten Baumwollspinnerei in Speyer ein gemeinsames Depot aufgebaut, in der beide Häuser ihre Funde aufnehmen, inventarisieren und einlagern können. Dank moderner Technik (Barcodescanner, Datenbankmanagement etc.) können so die Funde dann auch wieder auf schnellstem Weg zur wissenschaftlichen Bearbeitung zur Verfügung gestellt werden.